Le comité Éthique en commun s'accorde sur six principes qui animent ses réflexions et ses travaux.

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Le comité Éthique en Commun considère la reconnaissance de la dignité humaine comme valeur fondamentale. Il s’attachera dans ses recommandations à en donner une application concrète, mettant en œuvre les droits rappelés dans la Déclaration Universelle des Droits de l’Homme de 1948.

Plus généralement, le Comité considère que les valeurs du corpus de déclarations et conventions édifié depuis plusieurs décennies par l’Organisation des Nations Unies et les organisations spécialisées, notamment l’UNESCO, font partie de son cadre de référence, parmi lesquelles la protection et la promotion des expressions culturelles, et la biodiversité. La mise en œuvre de ce corpus passe par des accords internationaux normatifs.

Il ne faut pas dégrader l’environnement de vie pour les générations futures et ne pas hypothéquer l’avenir de façon irréparable, notamment en puisant dans les ressources naturelles ou en mettant en cause les équilibres naturels. Un tel principe de développement durable, impose au Comité de travailler sur le long et très long terme, et pas seulement sur le court terme. En revanche, le principe d’une réversibilité totale paraît utopique et impraticable.

Le monde constitue un système. Toute action sur l’un de ses éléments a des impacts sur d’autres éléments : l’analyse doit alors explorer les effets seconds et induits d’une action et les dynamiques et stratégies qu’elle peut susciter ou favoriser. Les problèmes doivent donc être traités de façon privilégiée à l’échelle mondiale, tout en assurant néanmoins la compatibilité entre le global et le local et en prenant en compte des réalités de terrain.

Le Comité considère que la robustesse et l’adaptabilité d’un système sont des éléments positifs. Ainsi, même dans une société ouverte, une certaine autosuffisance des systèmes de production est souhaitable au niveau national et régional.

Le progrès implique une société ouverte aux innovations techniques et sociales, en sachant qu’il faut analyser et prévoir l’impact de ces innovations sur les modes de vie, leur contribution au développement humain, et s’assurer d’un partage équitable des bénéfices qu’elles peuvent apporter.

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Ces principes ont été rédigés en 2007, lors de l'arrivée de Louis Schweitzer à la présidence du comité, puis confirmés en 2016, lors du début du mandat d'Axel Kahn et révisés par l’équipe actuelle.